Habitat penting seperti bakau, terumbu karang dan lamun berperan dalam menopang produksi perikanan di Kawasan Laut Natuna Utara Indonesia. Habitat ini dikenal sebagai tempat berlindung bagi sebagian besar spesies ikan yang secara ekonomi penting selama tahap kritis siklus hidupnya termasuk untuk pemijahan, pembibitan, dan pemberian makan. Oleh karena itu, habitat ini memainkan peran penting dalam perekrutan dan pemeliharaan stok ikan. Sedangkan kualitas habitat pesisir cenderung menurun sebagai dampak buruk dari aktivitas manusia yang merusak. Di sisi lain, kelestarian bakau dan terumbu karang, dua habitat penting pesisir, terancam (Sumiono, 2014).
Selama “proyek UNEP / GEF South China Sea Project on Reversing Environmental Degradation Trends in the South China Sea and Gulf of Thailand” dilaksanakan dari tahun 2002-2008, Indonesia telah melakukan beberapa kegiatan nasional dan terkait dengan pengenalan sistem regional fisheries refugia di Laut Cina Selatan dan Teluk Thailand di tingkat nasional, termasuk organisasi Komite Perikanan Nasional Pertemuan proyek Laut Cina Selatan di Bogor, Indonesia dari 9-10 Juni 2006 dan lokal lainnya konsultasi yang telah mengidentifikasi area kritis siklus hidup sumber daya perikanan di WPP-RI 711.
Indonesia telah menetapkan dua wilayah prioritas potensial dari empat wilayah yang diidentifikasi sebagai lokasi proyek fisheries refugia. Kandidat lokasi tersebut adalah Perairan Bangka-Belitung dan Perairan Kalimantan Barat. Gambar dari area tersebut ditunjukkan pada Gambar 4.
Gambar 4. Dua bidang prioritas potensial Perikanan Refugia Proyek di Indonesia.
Wilayah yang menentukan fisheries refugia calon didasarkan pada spesies sumber daya ikan yang akan dilindungi. Wilayah perairan yang diidentifikasi sebagai tempat pemijahan dan pembibitan spesies. Ada dua kelompok yang menjadi sasaran yaitu udang dan spesies pelagis kecil.