Seperti konsep fisheries refugia relatif baru untuk diperkenalkan di daerah, hingga saat ini belum ada peraturan resmi di Indonesia yang dikeluarkan, yang secara khusus mengatur tentang pembentukan dan tata kelola sitem fisheries refugia. Oleh karena itu, pengembangan kerangka hukum harus ditempatkan sebagai prioritas tertinggi selama pelaksanaan proyek di Indonesia. Namun demikian, prosedur serupa atau kerangka hukum terkait yang mengatur kawasan perikanan untuk tujuan pengelolaan dan konservasi berkelanjutan telah tersedia sebagai referensi.

Diantaranya regulasi yang dapat menjadi pedoman bagi pengembangan kerangka hukum bagi penyelenggaraan dan penyelenggaraan sistem fisheries refugia di Indonesia adalah sebagai berikut:

  1. Undang-Undang Nomor 31 Tahun 2004 sebagaimana telah diubah dengan Undang-Undang Nomor 45 Tahun 2009 tentang Perikanan;
  2. Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2004 sebagaimana telah diubah dengan Undang-Undang Nomor 12 Tahun 2008 tentang Pemerintahan Daerah;
  3. Undang-Undang Nomor 5 Tahun 1983 tentang Kawasan Ekonomi Indonesia Unggul;
  4. Undang-Undang Nomor 6 Tahun 1996 tentang Perairan Indonesia;
  5. Undang-Undang Nomor 26 Tahun 2007 tentang Penataan Ruang;
  6. Undang-Undang Nomor 27 Tahun 2007 tentang Pengelolaan Wilayah Pesisir dan Pulau-Pulau Kecil;
  7. Peraturan Pemerintah Nomor 38 Tahun 2007 tentang Pembagian Penyelenggaraan Pemerintahan antara Pemerintah Pusat, Pemerintah dan Kabupaten / Kabupaten;
  8. Peraturan Pemerintah Nomor 60 Tahun 2007 tentang tentang Konservasi Sumber Daya Ikan;
  9. Peraturan Presdientian Nomor 9 Tahun 2005 sebagaimana telah diubah dengan Presiden Peraturan Nomor 20 Tahun 2008 tentang Kedudukan, Tugas, Fungsi, dan Susunan Organisasi Kementerian Negara Republik Indonesia;
  10. Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Republik Indonesia Nomor PER.17 / MEN / 2008 tentang Kawasan Konservasi Pesisir dan Pulau-Pulau Kecil.
  11. Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Republik Indonesia Nomor PER.01 / MEN / 2009 tentang Wilayah Pengelolaan Perikanan Republik Indonesia
  12. Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Republik Indonesia Nomor PER.02 / MEN / 2009 tentang Tata Cara Penataan Kawasan Konservasi Laut.

Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Republik Indonesia Nomor PER.29 / MEN / 2012 tentang Pedoman Penyusunan Rencana Pengelolaan Perikanan Sub Bidang Perikanan Tangkap.